Depuis plusieurs années, Flonflons développe des collaborations avec les établissements scolaires lillois. Ceux du quartier de Wazemmes en priorité: école Quinet-Rollin, collège de Wazemmes et l'école de musique de Wazemmes.

Par ailleurs Flonflons travaille aussi avec le lycée hôtelier Michel Servet (ces actions sont développées dans la rubrique projets solidaires).

A chaque festival, sur l'une ou l'autre de nos scènes, un rendu public d'ateliers est réalisé en collaboration avec ces établissements et leurs enseignants.